MTD 243-670 Manual do Utilizador Página 84
- Página / 186
- Índice
- MARCADORES
Avaliado. / 5. Com base em avaliações de clientes
ERGEBNISSE KAPITEL 3
Tab. 3.10: Abbau aromatischer Kohlenwasserstoffe, CDSs auf Chr.1.
Nr. CDS Gen Annotation EC-Nummer
1. Abbau von Benzoat und Dihydroxybenzoat über β-Ketoadipat-Weg
1 H16_A1965
benM
benzoate operon transcriptional regulator
2 H16_A1964
catA
catechol 1,2-dioxygenase 1.13.11.1
3 H16_A1963
benA
benzoate 1,2-dioxygenase
hydroxylase component, alpha subunit
1.14.12.10
4 H16_A1962
benB
benzoate 1,2-dioxygenase
hydroxylase component, beta subunit
1.14.12.10
5 H16_A1961
benC
benzoate 1,2-dioxygenase
electron transfer component
1.14.12.10
6 H16_A1960
benD
cis-1,2-dihydroxycyclohexa-3,5-diene-
1-carboxylate dehydrogenase
1.3.1.55
7 H16_A1959
predicted hydrolase or acyltransferase
8 H16_A1966
catB1
muconate cyclo-isomerase 5.5.1.1
9 H16_A1967
catC
muconolactone delta-isomerase 5.3.3.4
10 H16_A1968
catD1
3-oxoadipate enol-lactone hydrolase 3.1.1.24
11 H16_A1969 conserved hypothetical protein
2. Abbau von Tryptophan zu Antranilat
1 H16_A2814 predicted metal-dependent hydrolase
2 H16_A2815
L-kynurenine hydrolase 3.7.1.3
3 H16_A2816
tryptophan 2,3-dioxygenase 1.13.11.11
3. Komponenten aus dem Aromaten-Abbau über meta-Spaltung
1 H16_A1806 acetaldehyde dehydrogenase oxidoreductase 1.2.1.10
2 H16_A1807
4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase 4.1.3.-
4. Einzelne Gene
H16_A2672 benzoate transporter
H16_A2422
3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase 5.5.1.2
Tab. 3.11: Abbau aromatischer Kohlenwasserstoffe über den β-Ketoadipat-Weg, CDSs
auf Chr.2.
Nr. CDS Annotation EC-Nummer
1. Abbau von 4-Hydroxybenzoat zu 3-Oxoadipat
1 H16_B2293 4-hydroxybenzoate transporter
2 H16_B2292 transcriptional regulator
3 H16_B2291 protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain 1.13.11.3
4 H16_B2290 protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain 1.13.11.3
5 H16_B2289 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase 5.5.1.2
6 H16_B2288 4-carboxymuconolactone decarboxylase 4.1.1.44
7 H16_B2287 transcriptional regulator
8 H16_B2286 p-hydroxybenzoate hydroxylase 1.14.13.2
2. Abbau von 3-Oxoadipat
1 H16_B0198 3-oxoadipate CoA-transferase subunit A 2.8.3.6
2 H16_B0199 3-oxoadipate CoA-transferase subunit B 2.8.3.6
3 H16_B0200 beta-ketoadipyl CoA thiolase 2.3.1.16
4 H16_B0201 short chain dehydrogenase 1.-.-.-
5 H16_B0202 putative exported protein
3. Weitere einzelne Gene aus dem β-Ketoadipat-Weg
H16_B1584 muconolactone delta-isomerase 2 5.3.3.4
H16_B1583 3-oxoadipate enol-lactone hydrolase 3.1.1.24
H16_B0536 muconate cyclo-isomerase 5.5.1.1
73
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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