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ERGEBNISSE KAPITEL 3

3 Ergebnisse

3.I Das Ralstonia eutropha H16-Genomprojekt

3.I.1 Sequenzierung

3.I.1.1 Strategie

Vor Beginn der Sequenzierung war die Genomorganisation von R. eutropha H16 bereits

untersucht (Schwartz & Friedrich, 2001) und das kleinste der drei Replikons, das Me-

gaplasmid pHG1, vollständig sequenziert und annotiert worden (Schwartz et al., 2003).

Dementsprechend sind alle Angaben, die im folgenden zu pHG1 gemacht werden – so-

fern nicht anders angegeben –, der Veröffentlichung von Schwartz et al. (2003) ent-

nommen. Die Angabe R. eutropha bezieht sich, soweit nicht anders vermerkt, auf den

Stamm Ralstonia eutropha H16.

Eine spezifische Auftrennung der verbliebenen Replikons in ausreichenden Men-

gen, wie sie für die Herstellung selektiver Genbanken nötig gewesen wäre, war prak-

tisch nicht durchführbar. Deshalb wurde die gesamte chromosomale DNA für die Ge-

nomsequenzierung eingesetzt. Eine Sortierung der Replikons erfolgte nach der Assem-

blierung aufgrund von Sequenzinformationen im Datensatz (siehe 3.I.1.4). Die Sequen-

zierung wurde mittels zweier Genbanken durchgeführt, welche von der Firma Integrated

Genomics (Chicago, IL, USA) hergestellt wurden, einer Plasmid-Genbank mit geringer

Insertgröße (2-5 kbp) und hoher Sequenzdichte sowie einer Cosmid-Genbank mit langer

Insertgröße (30-50 kbp) und geringer Sequenzdichte.

3.I.1.2 Rohsequenzierungsphase

Während der Rohsequenzierung wurden die Inserts der rekombinanten Genbanken von

beiden Enden aus mit Hilfe von aus der Vektorsequenz a/jointfilesconvert/333809/bgeleiteten Standardprimern

ansequenziert. Die resultierenden Sequenzläufe wurden mit dem Programm Gcphrap

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