MTD 243-670 Manual do Utilizador Página 73
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
Sequenzen innerhalb potentieller Genominseln wird zudem durch zwei weitere Proble-
me erschwert:
1. Die von ihrer Umgebung abweichenden Eigenschaften genomischer Inseln er-
2. irekten Nutzen für den Organismus dar-
Bei ca. 7 % der von
SIGI identifizierten Fremdgene handelt es sich um kodierende
Sequ
schweren die CDS-Vorhersage (siehe 3.I.2.4). Daher enthalten genomische In-
seln möglicherweise artifizielle CDSs.
Lateral transferierte Gene, die keinen d
stellen, unterliegen nicht dem Evolutionsdruck und können deshalb verstärkt
Mutationen ansammeln. Aus diesem Grund beinhalten genomische Inseln viele
degenerierte CDSs mit geringer Ähnlichkeit zu bekannten Proteinen.
enzen für regulatorische Proteine (Chr.1: 35 CDSs; Chr.2: 25 CDSs). 2 % wurden
als potentielle Transporter annotiert (Chr.1 und Chr.2.: jeweils 10 CDSs). Von 33 CDSs
der Transposase/Integrase-Familie auf den beiden großen Replikons wurden 19 CDSs
als Fremdgene charakterisiert. Darüberhinaus wurden drei potentielle Phagenproteine
auf Chr.1 als Fremdgene identifiziert (H16_A1800, H16_A0010, H16_A3206), nicht
jedoch eine potentielle Muramidase (EC 3.2.1.17, H16_B1313), die auf Chr.2 inmitten
eines Clusters potentieller Fremdgene liegt. Interessanterweise wird auf Chr.1 ein ca.
28 kbp großer Cluster aus 24 CDSs (H16_A2888-2910) als genomische Insel identifi-
ziert, der wahrscheinlich für Enzyme der O-Antigen-Biosynthese kodiert. Innerhalb die-
ses Clusters lassen sich kleinere Operons unterscheiden, die jeweils große Ähnlichkeit
in Sequenz und Organisation zu Operons anderer Organismen aufweisen. Das O-
Antigen ist ein wichtiger Bestandteil der äußeren Membran Gram-negativer Bakterien.
Strukturelle Variationen innerhalb der O-Antigene werden auf unterschiedliche Organi-
sationsformen der kodierenden Cluster in verschiedenen Organismen zurückgeführt
(Samuel & Reeves, 2003).
62
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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