MTD 243-670 Manual do Utilizador Página 82
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
ebene zu einer Domäne auf, die als
Bordetella uptake gene product beschrieben wurde
(pfam03401, Bug). Dabei handelt es sich wahrscheinlich um ein extraplasmatisches
Bindeprotein, das in vielen
β-Proteobakterien stark überrepräsentiert ist (Antoine et al.,
2003). Im gleichen Cluster ist ein Transkriptionsregulator kodiert (H16_B0126), der
möglicherweise an der Regulation des Clusters beteiligt ist. An anderer Stelle auf Chr.2
ist eine potentielle D-Galactarat-Dehydratase kodiert (H16_B0126), die sich keinem
Cluster zuordnen läßt. Dieses Enzym könnte mit D-Galactarat ein zusätzliches Substrat
in den Glucarat-Abbau einspeisen.
H16_B0126
H16_B0128 H16_B0127
H16_B0130H16_B0131
D-Glucarat
5-Dehydro-
4-Desoxy-D-Glucarat
2,5-Dioxopentanoat
2-Oxoglutarat
D- Galactarat
EC 4.2.1.40
H16_B0127
EC 4.2.1.41
H16_B0131
EC 1.2.1.26
H16_B0130
EC 4.2.1.42
H16_B0965
D-Glucarat
5-Dehydro-
4-Desoxy-D-Glucarat
2,5-Dioxopentanoat
2-Oxoglutarat
D- Galactarat
EC 4.2.1.40
H16_B0127
EC 4.2.1.41
H16_B0131
EC 1.2.1.26
H16_B0130
EC 4.2.1.42
H16_B0965
a)
b)
H16_B0129
Abb. 3.17: a) Schematische Darstellung des D-Glucarat- und D-Galactarat-Abbaus nach
KEGG; b) Cluster kodierender Sequenzen für Enzyme des D-Glucarat-Abbaus.
Der gesamte Enzymapparat des Glucarat- und Galactarat-Abbaus ist in R. solana-
cearum
auf dem Megaplasmid kodiert, allerdings innerhalb eines einzigen Operons, zu
dem außerdem ein potentieller Glucarat/Galactarat-Transporter gehört.
3.I.4.2.1.3 Abbau aromatischer Kohlenwasserstoffe
Der aerobe Abbau aromatischer Kohlenwasserstoffe gliedert sich im wesentlichen in
folgende Schritte (Lengeler
et al., 1999):
1. Je nach Anzahl und Position der Substitutionen des aromatischen Ringes werden
unterschiedliche Substrate in wenige zentrale Zwischenprodukte überführt, von
denen Catechol, Protocatechuat und Gentisat die häufigsten darstellen. Generell
71
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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