MTD 243-670 Manual do Utilizador Página 128
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
3.II.5.2.2.1 Zusammensetzung der überlangen ORFs und Proteine
Den überlangen ORFs aus Msp. stadtmanae können weitere spezifische Eigenschaften
zugeordnet werden, die sie von den restlichen CDSs des Genoms unterscheiden. Aus
einem Vergleich aller kodierenden Sequenzen mit einer Länge von mehr als 1000 Ami-
nosäuren mit allen übrigen CDSs konnten folgende Besonderheiten a/jointfilesconvert/333809/bgeleitet werden:
1. Überlange ORFs weisen mit 27.6 % einen deutlich niedrigeren G+C-Gehalt auf als
der Rest der kodierenden Sequenzen (29.4 %).
2. Überlange Proteine enthalten reduzierte Anteile der meisten Aminosäuren zugun-
sten von Asparagin, Threonin und Serin (Tab. 3.26). Diese Unterschiede weisen
keine Korrelation mit dem A+T-Gehalt der jeweiligen Codons auf, die für diese
Aminosäuren kodieren.
Tab. 3.26: Aminosäure (AA)-Zusammensetzung aller CDSs mit einer Länge von mehr als
1000 Aminosäuren im Vergleich zu allen übrigen CDSs.
Amino-
säure
Anteil (< 1000 AA)
[%]
Anteil (> 1000 AA)
[%]
Veränderung
[%]
Gly
Asn
5,9
6.7
6,3
13.4
+
+
7
101
Ile 10.2 11.0 + 7
Lys 8.3 7.0 - 16
Asp 6.2 5.2 - 16
Gln 2.6 2.2 - 15
Ala 5.3 4.2 - 22
Arg 3.2 1.7 - 47
His 1.8 0.9 - 50
Cys 1.3 0.6 - 52
Thr 6.0 11.8 + 96
Val 6.3 6.4 + 2
Trp 0.6 0.4 - 25
Tyr 4.2 5.0 + 17
Glu 7.1 4.3 - 39
Pro 3.3 2.0 - 39
Leu 8.7 6.1 - 30
Phe 3.7 2.8 - 24
Ser 6.1 7.4 + 21
Met 2.4 1.2 - 48
117
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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