MTD 243-670 Manual do Utilizador Página 80
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
Cluster 2 (Tab. 3.5) kodiert für eine potentielle Glucokinase (H16_B2564), eine
weitere Glucose-6-Phosphat-Dehydrogenase (H16_B2566) sowie die einzige 6-
Phospho-Gluconolactonase (H16_B2565) und eine Phosphogluconat-Dehydratase
(EC 4.2.1.12, H16_B2567).
Tab. 3.5: Entner-Doudoroff-Weg, Cluster 2 auf Chr.2.
Nr. CDS Gen Annotation EC-Nummer
1 H16_B2567
edd
phosphogluconate dehydratase 4.2.1.12
2 H16_B2566
zwf3
glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase 1.1.1.49
3 H16_B2565
pgl
6-phosphogluconolactonase 3.1.1.31
4 H16_B2564
glk
glucokinase 2.7.1.2
5 H16_B2563 two component response regulator
6 H16_B2562 two component sensor histidine kinase
Cluster 3 (Tab. 3.6) kodiert für das Schlüsselenzym des ED-Weges, die einzige 2-
Keto-3-Desoxy-6-Phosphogluconat-Aldolase im Genom von
R. eutropha (H16_B1213).
Durch die 2-Keto-3-Desoxyglucokinase (EC 2.7.1.45, H16_B1212) könnte mit 2-Keto-
3-Desoxygluconat ein zusätzliches Substrat in den ED-Weg eingeschleust werden.
Schließlich enthält Cluster 3 eine von zwei Gluconat-Permeasen (H16_B1207).
Tab. 3.6: Entner-Doudoroff-Weg, Cluster 3 auf Chr.2.
Nr. CDS Gen Annotation EC-Nummer
1 H16_B1213
eda
2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase 4.1.2.14
2 H16_B1212
kdgK
2-keto-3-deoxygluconate kinase 2.7.1.45
3 H16_B1211
amino acid aldolase or racemase
4 H16_B1210
transcriptional regulator
5 H16_B1209
N-acyl-D-amino acid deacylase 3.5.1.14
6 H16_B1208
endoribonuclease
7 H16_B1207
gntP
gluconate permease
Cluster 4 auf Chr.2 (Tab. 3.7) kodiert für eine 2-Ketogluconat-Kinase (EC
2.7.1.13, H16_B1812) und eine potentielle 2-Keto-6-Phosphogluconat-Reduktase (EC
1.1.1.43, H16_B1813). Aktivitäten für beide Enzyme wurden in
R. eutropha nachge-
wiesen wurden (Nandadasa
et al., 1974) und könnten für den Abbau von 2-
Ketogluconat über den ED-Weg verantwortlich sein.
Tab. 3.7: Entner-Doudoroff-Weg, Cluster 4 auf Chr.2.
Nr. CDS Gen Annotation EC-Nummer
1 H16_B1812
kgk
a
2-Ketogluconatkinase 2.7.1.13
2 H16_B1813
kgr
a
2-keto-6-phosphogluconate reductase 1.1.1.43
a
aus Pseudomonas putida (Vicente & Canovas, 1973).
69
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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