MTD 243-670 Manual do Utilizador Página 65
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
der DNA-Gyrase B (EC 5.99.1.3; H16_A0003) und drei Untereinheiten eines Typ I Re-
striktions-Modifikationssystems (H16_A0004-0006) kodiert. Während die Sequenz des
oriC zwischen unterschiedlichen Spezies variiert, sind Zusammensetzung und Reihen-
folge der Gene in der Umgebung des chromosomalen Replikationsursprunges auch zwi-
schen entfernteren Organismen weitgehend konserviert (Abb. 3.11).
R. eutropha H16
R. eutropha JMP134
Bu. pseudomallei K96243
R. solanacearum GMI1000
Bo. bronchiseptica RB50
Abb. 3.11: Vergleich der Umgebungen ausgewählter dnaA-Homologe (rot) in verschiede-
nen Organismen (Contig Regions). Gene mit ähnlicher Sequenz werden in gleicher Farbe
dargestellt. Rot, dnaA; grün, β-Untereinheit der DNA-Polymerase III; blau, β-Untereinheit der
DNA-Gyrase B; rosa, L34P; türkis, Ribonuklease P. Abkürzungen: R., Ralstonia; Bu., Burkhol-
deria; Bo., Bordetella.
Im Gegensatz zur chromosomalen Replikation wird mit der Initiation der plasmi-
dären Replikation die Anzahl der Kopien des Plasmids kontrolliert (del Solar & Espino-
sa, 2000). An diesem Mechanismus ist das plasmidäre Replikationsprotein
repA betei-
ligt (Burian
et al., 2003). Ebenso wie pHG1 enthält Chr.2 ein potentielles repA-Gen
(H16_B0001), das mit einem Minimum des kumulativen
GC-Skews zusammenfällt (Da-
ten nicht gezeigt). Die
RepA-Proteine von Chr.2 aus R. eutropha und dem Megaplasmid
aus
R. solanacearum weisen große Ähnlichkeit zueinander auf (92 % Identität auf Pro-
teinebene). Dagegen unterscheiden sich beide Varianten stark vom
repA-Gen auf pHG1,
das mehr dem
repA vom Megaplasmid pMOL28 aus R. metallidurans CH34 (Taghavi
et al.
, 1996) ähnelt (Abb. 4.2). In der intergenischen Region stromaufwärts von repA
befinden sich – in unterschiedlicher Orientierung – acht potentielle
RepA-Bindestellen
der Consensus-Sequenz
CGTACCCGTTTCTGCG. In gleicher Reihenfolge wie auf
dem Megaplasmid von
R. solanacearum folgen auf repA stromabwärts ein potentielles
par-Operon (H16_B0003-0004) und ein Gen der Transposase/Integrase-Familie
(H16_B0005). Ein
par-Operon ist auch in unmittelbarer Nachbarschaft von repA auf
pHG1 lokalisiert.
parA und parB kodieren für ein plasmidäres Partitionierungssystem,
das während der Zellteilung für eine korrekte Verteilung der Plasmide auf die Tochter-
zellen sorgt (Gerdes
et al., 2000).
54
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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