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MATERIAL UND METHODEN KAPITEL 2

• BLAST-A/jointfilesconvert/333809/bgleich der Genome gegeneinander:

blastall -p blastp -i a.fas -d b.fas -e 1.0e-15

blastall -p blastp -i b.fas -d a.fas -e 1.0e-15

• skriptgesteuerte Auswertung der Ergebnisse

Mit Hilfe eines Skriptes wurden die Ausgaben der beiden blastall-Aufrufe

eingelesen, miteinander verglichen und diejenigen Proteine als Treffer ausgegeben, die

wechselseitig aufeinanderwiesen, d.h. Proteine 1 und 2 wurden als Trefferpaar

ausgegeben, wenn Protein 1 aus Organismus A größte Ähnlichkeit zu Protein 2 aus

Organismus B zeigt UND Protein 2 aus Organismus B größte Ähnlichkeit zu Protein 1

aus Organismus A zeigte. Mit diesem Verfahren können falsch positive Treffer zu

paralogen Proteinen ausgeschlossen werden (Proteine, die in mehreren Kopien im

selben Genom vorliegen). Der Schwellenwert für signifikante BLAST-Treffer wurde als

e-value (1.0e-15, d.h. e

-15

) im blastall-Aufruf angegeben.

2.13 Vorhersage und Annotation kodierender Sequenzen

Um die kodierenden Eigenschaften eines Genoms bestimmen zu können, bedarf es der

Annotation aller potentiellen Gene. Dazu müssen zunächst alle kodierenden Sequenzen

(coding sequences, CDSs) bestimmt werden und diesen in einem zweiten Schritt eine

funktionelle Annotation zugewiesen werden. Funktionszuweisungen werden anhand

von Sequenzähnlichkeiten zu bekannten Proteinen vorgenommen, beruhend auf der Be-

obachtung, daß Proteine ab einer Ähnlichkeit von 30 % mit hoher Wahrscheinlichkeit

übereinstimmende räumliche Strukturen zeigen (Sander & Schneider, 1991).

2.13.1 Vorhersage kodierender offener Leserahmen (CDSs)

Als zuverlässigste Methode zur CDS-Vorhersage erwies sich eine Kombination ver-

schiedener automatischen Vorhersageprogramme in Verbindung mit einer manuellen

Kontrolle der CDS-Längen. Dazu wurde das von Tech & Merkl (2003) entwickelte

Programm YACOP verwendet, das auf einer Kombination der Programme Critica

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