MTD 243-670 Manual do Utilizador Página 75
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
lokalisiert. Außerhalb von
cbb
c
enthält Chr.2 ein weiteres, verkürztes cbbR-Gen
(H16_B1429), dessen potentiellem Produkt das im N-Terminus kodierte DNA-bindende
Helix-Turn-Helix-Motiv fehlt. Von diesem Gen wurde gezeigt, daß es ebenfalls für kei-
nen funktionellen Regulator kodiert (B. Kusian, persönliche Mitteilung).
Die Oxidation von Formiat als Grundlage organoautotrophen Wachstums wird in
R. eutropha von zwei verschiedenen Typen der Formiat-Dehydrogenase katalysiert, ei-
nem NAD
+
-abhängigen Enzym (S-FDH, EC 1.2.1.2) und einem Membran-gebundenen
Enzym (Friedrich
et al., 1979). Das NAD
+
-abhängige Enzym ist im fdsGBACD-Operon
kodiert (Oh & Bowien, 1998) und befindet sich auf Chr.1 (Tab. 3.2).
Tab. 3.2: Gen-Cluster für potentielle Formiat-Dehydrogenasen auf Chr.1.
Nr. CDS Gen Annotation
1 H16_A0639
fdsR
transcriptional regulator
2 H16_A0640
fdsG
NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit
3 H16_A0641
fdsB
NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit
4 H16_A0642
fdsA
NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit
5 H16_A0643
fdsC
FdsC protein
6 H16_A0644
fdsD
NAD-dependent formate dehydrogenase delta subunit
1 H16_A2942 conserved hypothetical protein
2 H16_A2941 conserved hypothetical protein
3 H16_A2940 ferredoxin
4 H16_A2939
formate dehydrogenase-specific chaperone
5 H16_A2938
hypothetical protein
6 H16_A2937
formate dehydrogenase alpha subunit
7 H16_A2936
formate dehydrogenase iron-sulfur subunit
8 H16_A2935
hypothetical membrane-associated protein
9 H16_A2934
formate dehydrogenase cytochrome b subunit
10 H16_A2933
hypothetical membrane-associated protein
11 H16_A2932
formate dehydrogenase accessory protein
1 H16_A3292 formate dehydrogenase alpha chain
Auf Chr.1 befindet sich ein weiterer Cluster aus 12 Genen, der möglicherweise für
eine zweite, membrangebundene Formiat-Dehydrogenase kodiert. Verschiedene Gene
dieses Clusters kodieren nach
TMpred-Vorhersage für Proteine, welche Transmem-
bran-Bereiche enthalten. Untersuchungen zur Cofaktor-Abhängigkeit der membrange-
bundenen Formiat-Dehydrogenase deuten allerdings auf die Existenz von wenigstens
drei verschiedenen Enzymen hin (Burgdorf
et al., 2001). Tab. 3.3 gibt einen Überblick
über weitere Cluster auf Chr.2, die für potentielle Formiat-Dehydrogenasen unterschied-
lichen Typs bzw. deren Untereinheiten kodieren.
64
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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