MTD 243-670 Manual do Utilizador Página 52

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ERGEBNISSE KAPITEL 3
Abb. 3.3: Template Display des Contig 61-2-182-E06. Sequenzläufe werden durch Pfeile
dargestellt und einem Template (Plasmid- oder Cosmid-Insert) zugeordnet (blaue, rote, grüne
oder schwarze Striche). Hellblaue und orange Pfeile, Sequenzläufe mit Standard-for/rev-
Primern; blaue Striche, erwartete Länge des Templates, wenn kein weiterer Sequenzlauf im Da-
tensatz vorhanden ist; rote Striche, Template-Länge zwischen zusammengehörenden Sequenz-
läufen, die der Erwartung entspricht; schwarze Striche, Template-Länge, die unter der Erwar-
tung liegt; grüne Striche, zusammengehörende Sequenzläufe liegen in unterschiedlichen Con-
tigs (Plasmidbrücke); gelbe Punkte, Primerpositionen.
3.I.1.3.2 Primerwalking über Sequenzlücken
Wie beschrieben gibt das Template Display zu jedem Sequenzlauf Informationen über
Existenz und Assemblierung des Gegenlaufes vom gleichen Plasmid-Insert an
(Abb. 3.3; Abb. 3.4). Sequenzläufe an den Rändern eines Contigs, deren Gegenläufe an
den Rändern eines anderen Contigs assemblieren, bilden sogenannte Plasmidbrücken
und können beim Primerwalking als Template für die Sequenzierung von Sequenzlük-
ken genutzt werden (siehe 2.11.1). Deshalb wurden parallel zur Editierung der Consen-
sus-Sequenz an den Rändern von jedem Contig Primer a/jointfilesconvert/333809/bgeleitet und bei Existenz von
Plasmidbrücken für das Primerwalking verwendet.
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